Consciente da importância que os recursos hídricos associados a Alqueva têm para a sustentabilidade do projeto, a EDIA criou uma rede de monitorização dos recursos hídricos superficiais que inclui um total de 88 estações, 18 das quais localizadas em albufeiras e 70 em cursos de água.
Os recursos hídricos superficiais são um dos diversos descritores ambientais monitorizados de forma regular pela EDIA e os principais objetivos associados a esta monitorização são a avaliação da adequabilidade da água a diversos fins qualitativamente exigentes e a avaliação dos potenciais impactes da exploração do EFMA, tendo as primeiras campanhas sido realizadas em 2002, altura em que foram encerradas as comportas da barragem de Alqueva.
Os parâmetros monitorizados variam em função dos objetivos. No que diz respeito aos parâmetros ecológicos, nas albufeiras é monitorizado o fitoplâncton e a ictiofauna, enquanto que nos cursos de água é monitorizada a ictiofauna, os macrófitos, os macroinvertebrados e os elementos hidromorfológicos de suporte.
Através da presente monitorização têm vindo a ser obtidos um conjunto robusto de dados, os quais contribuem para aumentar o conhecimento sobre a qualidade da água e os ecossistemas aquáticos nesta tipologia de massas de água e os reais impactes associados à exploração do EFMA.